I migliori film di fantascienza di Yukari Tamura

Il film è ambientato un anno dopo gli avvenimenti della serie televisiva. I protagonisti vivono nella linea temporale Steins;Gate, ma Okabe continua ad avere nella sua mente dei deja vu delle linee temporali alfa e beta. La sua capacità di avere il reading steiner fa sì che l'esistenza di Okabe sia in qualche modo parallela alle due linee e venga negata nella linea Steins;Gate. Così Okabe svanisce nel nulla e nessuno più ricorda la sua esistenza. Ma Makise Kurisu sente di aver perso qualcosa di importante ed è decisa a reinventare la time leap machine per scoprire di cosa si tratta e trovare un modo per riportare indietro Okabe.

Il pianeta Eltria, dopo aver subito una grave desertificazione in passato, è stato quasi abbandonato. Contro la volontà della sorella maggiore, Kyrie Florian si reca sulla Terra insieme alla sua migliore amica, l'IA Iris, alla ricerca della chiave per la rigenerazione del loro pianeta. Tuttavia, l'unico modo per trovarla si trova all'interno del Tomo del Cielo Notturno, che li porta a scontrarsi con Nanoha e i suoi amici.

Nanoha è una ragazzina gentile e tranquilla che passa le sue giornate fra le scuole elementari, che frequenta con le sue amiche Arisa e Suzuka, e la sua numerosa famiglia che gestisce una pasticceria. Un giorno, dopo aver fatto uno strano sogno la notte precedente, scorge tornando a casa un animale ferito del tutto simile a un furetto. Questi però è in realtà Yuuno, un abitante di un altra dimensione sulle tracce di misteriosi artefatti e potenti chiamati Jewel Seed. Nel precipitare degli eventi a causa dell'attacco di un'informe creatura, Nanoha si trova a dover acquisire strumenti e poteri magici per scendere in campo per aiutare il suo nuovo amico a risolvere la situazione. A complicare la situazione arriverà ben presto Fate, una giovane maga della stessa età di Nanoha decisa ad appropriarsi degli artefatti ad ogni costo.

Mentre il conflitto iniziato in Magical Girl Lyrical Nanoha: Reflection continua ad aggravarsi, Nanoha e i suoi alleati scoprono presto la travagliata storia tra Iris e Yuri, che è legata alla tragedia del "Comitato di bonifica del pianeta" di Eltoria.

Sei mesi dopo gli eventi di Magical Girl Lyrical Nanoha: The Movie 1st, Fate è tornata a Uminari City con Lindy come sua tutrice legale e sta vivendo la vita di una normale studentessa elementare insieme a Nanoha e ai suoi amici. La riunione tra i due ritrovati amici è interrotta, tuttavia, quando vengono assaliti da quattro antichi utenti magici che si identificano come i Wolkenritter. Mentre i motivi dietro le azioni dei Wolkenritter diventano chiari, Nanoha e Fate si trovano in una corsa contro il tempo per fermare la riattivazione di un artefatto altamente pericoloso noto come il Libro delle Tenebre.