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La storia si svolge sul pianeta Vegeta dove da una madre ignota e dal padre Bardak nasce Kakaroth (il futuro Goku). Bardak è un guerriero Saiyan che conquista pianeti per ordine di Freezer, così come tutti gli altri Saiyan. Bardak, a causa di un colpo alla nuca ricevuto da un abitante del pianeta Kanassa, acquista la capacità di prevedere il futuro. All'inizio, egli crede che le sue visioni, in cui vede un bambino simile a sé stesso, siano dei sogni. Dopo essersi risvegliato ed avere visto che i compagni sono già partiti per sottomettere un pianeta, li segue.

C'è uno scontro tra i Pokémon leggendari Dialga e Giratina in un universo parallelo: il Mondo Inverso. Nella sfida viene anche trascinato, contro il suo volere, Shaymin, il Pokémon Gratitudine. Shaymin tramite la mossa Infuriaseme, un attacco che assorbe tutte le polveri e i detriti grazie ai fiori che crescono sulla schiena del Pokémon, apre un varco verso il Mondo Reale e viene trascinato dal vortice, seguito a ruota da Dialga, riuscitosi a liberare dalla morsa di Giratina. Quest'ultimo tenta di seguire Dialga oltre il portale, ma invano poiché è stato intrappolato in un "ciclo temporale".

Sulla loro strada attraverso la Frontiera della Battaglia, Ash e gli amici si incontrano con un Pokémon Ranger la cui missione è quella di consegnare l'uovo di Manaphy a un tempio sul fondo dell'oceano. Tuttavia, un avido pirata vuole il potere di Manaphy per sé.

Nel leggendario passato, prima che le Poké Ball fossero inventate, un Pokémon eroe aura-guida di nome Lucario percepì due gruppi di eserciti in procinto di scontrarsi e la minaccia di una guerra massiccia davanti al castello di Oldoran, nel Kanto, che non avrebbe lasciato superstiti. Ha trasferito questo messaggio al suo padrone, il leggendario eroe Arlon, mentre veniva attaccato da un violento gruppo di Hellgar. Durante la battaglia, il suo senso della vista andò perso e fu reso incapace di vedere. Usò l'individuazione della sua Aura, e così con l'offensiva Wave Bomb li eliminò. Nonostante la minaccia, la regina di Rota, Lady Rin era decisa a morire con i suoi civili, e così Arlon fece una scelta.