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NERV è stata attaccato dalla SEELE e Rei e diventa un tutt'uno con Lillith. Insieme con la Lancia di Longino e il completamento della serie EVA, Shinji deve decidere se l'umanità cesserà o meno di esistere. Lui dovrà decidere ora se vuole rimanere in vita o morire, ma la sua decisione influenzerà tutta l'umanità.

Un collezionista di Pokémon, Lawrence III, decide di catturare il Pokémon leggendario Lugia intrappolandolo nella sua nave da guerra volante. Per svolgere la sua missione deve prima catturare i tre uccelli leggendari: Articuno, Zapdos e Moltres. Inizia proprio da quest'ultimo, disturbando l'equilibrio meteorologico del pianeta. A causa dell'imprigionamento del Pokémon di Fuoco, Ash, Misty e Tracey, in viaggio attraverso le Isole Orange, sono costretti a causa del maltempo a rifugiarsi sull'isola Shamuti, proprio nel giorno dedicato ad una tradizionale cerimonia del luogo.

Il film è suddiviso in due parti. La prima parte, Death, ed anche la più lunga, è un lungo montaggio di spezzoni della serie originale, atto a riassumerne i contenuti principali. Death termina la narrazione all'episodio 24, ovvero con la morte dell'ultimo angelo, Kaworu Nagisa, poiché gli episodi 25 e 26 verranno sostituiti dal film "Neon Genesis Evangelion: The end of Evangelion". Alla fine di Death vi sono anche la sigla di coda e un intervallo di cinque minuti prima dell'inizio della seconda parte Rebirth, la quale è più corta ma anche più interessante, poiché è da essa che Evangelion si avvia alla conclusione vera e propria. Rebirth è l'inizio del film "Neon Genesis Evangelion: The end of Evangelion" e sviluppa gli avvenimenti immediatamente successivi alla morte dell'ultimo angelo.